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Nombre moyen de produits géniques dans (un) eucaryote(s)

Nombre moyen de produits géniques dans (un) eucaryote(s)


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En raison de l'épissage alternatif de l'ARN, il n'est pas rare de trouver finalement plusieurs produits géniques exprimés à partir d'un gène chez les eucaryotes. Je recherche une valeur de référence pour le nombre moyen de produits géniques finaux exprimés par gène pour:

  • un eucaryote particulier (de préférence les humains).

Cela ne peut pas être trop difficile à faire pour une espèce comme les humains. Je m'attendrais à ce que la formule suivante me fournisse une réponse approximative. Est-ce correct?

(nombre de protéines distinctes + nombre d'ARN distincts non traduits) / nombre de gènes

  • tous les eucaryotes dans leur ensemble.

Celui-ci est légèrement plus problématique.


Une réponse peut être trouvée dans la FAQ UniProt :

Qu'est-ce que le protéome complet humain ?

En 2008, une ébauche du protéome humain complet a été publiée par UniProtKB/Swiss-Prot : les quelque 20 000 gènes codant pour des protéines humaines putatifs étaient représentés par une entrée UniProtKB/Swiss-Prot, étiquetée avec le mot-clé « Protéome complet ». Ce protéome complet de H. sapiens UniProtKB/Swiss-Prot (révisé manuellement) peut être considéré comme complet dans le sens où il contient une séquence représentative (canonique) pour chaque gène humain actuellement connu. Près de 40% de ces 20'000 entrées contiennent des isoformes alternatives annotées manuellement représentant plus de 15'000 séquences supplémentaires…

http://www.uniprot.org/faq/48

Ainsi, nous avons 20 000 gènes et 35 000 produits donnant environ 1,75 produits de gène par gène. Alternativement, les 8 000 gènes subissant un épissage alternatif donnent environ 2,88 protéines par gène.


Eh bien, il y a un certain nombre de problèmes. Premièrement, la découverte d'ARN non codants est relativement nouvelle et ils sont difficiles à détecter, leur nombre est donc inconnu. De plus, on ne sait pas combien d'entre eux sont fonctionnels. Cela a également rendu très difficile la définition de ce qu'est un gène et a donc rendu difficile le dénombrement du nombre de gènes.

Les gènes codant pour les protéines, cependant, sont beaucoup plus faciles à traiter, et si vous le souhaitez, vous pouvez entrer n'importe quelle base de données publique de protéines (au NCBI, par exemple) et interroger facilement le nombre de protéines distinctes.

Enfin, le dernier problème est qu'avec un organisme comme l'humain, les méthodes expérimentales sont généralement limitées par la sensibilité (peut ne pas détecter les protéines/ARN à de très faibles concentrations) et le fait que vous ne pouvez pas mesurer tous les types/conditions cellulaires possibles (de nombreux les produits seront spécifiques au type de cellule/condition).

Qui a dit que la vie était facile ? D'une certaine manière, les choses sont toujours compliquées en biologie...


Voir la vidéo: RÉPLICATION DE LADN. ACIDES NUCLÉIQUES. Biochimie Facile (Juillet 2022).


Commentaires:

  1. Kigagal

    Ils ont tort. Écrivez-moi dans PM.

  2. Eallard

    les analogues existent ?

  3. Mabonagrain

    J'ai supprimé cette pensée :)



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